微信公众号认证费的入账主要是通过两种方式。

1.通过微信支付通道入账：用户在进行微信公众号认证时，需要支付一定的认证费用，这笔费用会通过微信支付通道进行支付，然后由微信支付进行结算，最后进入商户的微信支付账户中。商户可以通过微信支付商户后台查询到这笔款项，并进行资金管理和使用。

2.通过第三方支付通道入账：除了微信支付通道，商户还可以选择使用其他第三方支付通道进行微信公众号认证费的支付和入账。例如支付宝、银联等，这些支付通道也会提供相应的结算功能，商户可以在对应的支付平台上查看并管理这笔款项。

在入账过程中，需要注意以下几点：

1.确保支付通道的选择和配置正确：商户在进行微信公众号认证前，需要先选择并配置好对应的支付通道，确保可以正常进行支付和入账操作。

2.注意支付通道的手续费用：各个支付通道会收取一定的手续费用，商户需要注意核算这部分费用，避免造成不必要的损失。

3.做好账务管理和清算：商户需要做好对入账款项的资金管理和清算工作，及时核对入账金额，并合理去使用这笔资金。

4.遵守相关法律规定：商户需要遵守相关支付和财务管理的法律规定，不得从事违法活动，保证资金合法使用。

总之，微信公众号认证费的入账主要通过支付通道实现，商户需要选择适合的支付通道，并注意支付手续费、账务管理和合法使用入账金额。